I primi insediamenti nel territorio di Vieste risalgono, come per molti paesi del Gargano, al neolitico, testimoniati dal ritrovamento delle necropoli e di tantissimi altri reperti storici.
Oltre alla leggenda che vuole che Vieste sia il nome della moglie di Noè (Vesta), il quale approdò sulle coste del Gargano dopo aver lasciato l'arca sul monte Ararat, informazioni più concrete sono state trovate in alcuni accenni di Tolomeo del II sec. a.C., il quale identifica la zona di Vieste con il nome di Apeneste.
Il significato di Apeneste è isolato-rifugio, proprio come quello che i greci vi trovarono nel territorio viestano per trascorrere un momentaneo periodo lontani dalle proprie famiglie e dalle prorpie terre. E la loro nostalgia, portò i greci a stringersi molto alla loro dea del focolare domestico "Estia".
Il culto di questa dea di diffuse molto tra le popolazioni locali, e più in là anche i romani cominciarono a venerarla denominandola Vesta e da qui il nome Vieste.
Ma negli ultimi anni si e'arrivati a identificare Vieste come l'antica Uria. Infatti, gli storici, che prima collocavano questa citta' in altri paesi del Gargano, grazie al ritrovamento di alcuni reperti storici, tra cui delle monete, e a un gran numero di iscrizioni ritrovate in una grotta sull'isolotto di Santa Eufemia, oggi individuano in Vieste l'antica Uria.
Vieste ha avuto una certa importanza nella sua storia, visto il ritrovamento di una delle piu' grandi miniere di selce d'Europa, e data la sua posizione sul mare che rendeva facile il controllo lungo tutto l'Adriatico.
Proprio per la sua posizione sul Gargano, Vieste nel Medioevo fu piu' volte contesa tra Bizantini, Normanni, Longobardi, Veneziani ed Arabi, che sfruttarono questa posizione soprattutto dal punto di vista militare.
Intorno all'anno mille Vieste fu sotto il dominio Normanno; sotto il loro dominio furono costruiti il castello e la cattedrale, che vennero seriamente danneggiati in seguito a un incursione dei veneziani. Furono ricostruiti quasi immediatamente da Federico II di Svevia, che molto a cuore aveva questa citta', rinforzando tantissimo le difese del castello e rendendolo una fortezza inespugnabile.
Altri avvenimenti frequenti e molto sgradevoli erano le invasioni dei pirati che causavano gravi danni alla citta'. Tra queste la piu' violenta fu quella del 1554 del pirata Dragut. Fece prigionieri i cittadini piu' forti, e sopra una pietra oggi chiamata Chianca Amara (Pietra amara), vi uccise piu' di 5000 viestani tra vecchi, donne e bambini. Dopo l'invasione di Dragut, per prevenire queste spiacevoli visite, Vieste fu dotata delle torri costiere. Erano queste robuste costruzioni di difficile accesso per i pirati, sistemate lungo la costa sulle punte piu' sporgenti, in modo tale che l'una potesse vedere l'altra. In caso di avvistamenti, dei militari posti sulle torri, comunicavano con segnali visivi alle altre torri la presenza di imbarcazioni sospette.
Per quanto riguarda l'eta' risorgimentale, anche Vieste diede il suo contributo per l'unità d'Italia. Contributo macchiato del sangue di moltissimi cittadini che da una parte credevano fermamente nell'unità d'Italia, e dall'altra rimanevano fedeli al regno borbonico. Si formarono societa' segrete che cospiravano contro i borboni, i borboni si sentivano sempre piu' minacciati dalla crescita fervente di chi credeva nell'unita', e cominciarono a perseguitare, uccidere e condannare al carcere duro i sostenitori del re Vittorio Emanuele.
Una spedizione di 1000 uomini comandata da Garibaldi, partì da Quarto il 5 maggio del 1860, ed entrò in Napoli il 7 settembre liberandola dai borboni.
Il 21 ottobre successivo furono svolte le votazioni per annettere il Regno delle Due Sicilie all'Italia.
Fu in seguito a queste votazioni che a Vieste e in tutti i paesi circostanti successero tantissimi fatti di sangue. Queste zone d'Italia erano molto legate al regno borbonico, e da qui ne scaturirono tantissimi scontri con le truppe del regno italico. In solo due anni, tra il 1861 ed il 1863, si contarono piu' di 400 filoborbonici uccisi o morti durante gli scontri.
Proprio in Vieste, il 27 luglio del 1861, vi fu un cruento scontro tra una spedizione di filoborbonici e i cittadini impegnati a realizzare l'unita' d'Italia, che provoco' la morte di molti cittadini onesti.