Il nome Peschici deriva dallo slavo e letteralmente significa "suolo sabbioso", caratteristica della sua costa.
Un famoso documento la Chartula offertionis in S. Maria di Devia del 1053 dichiara che nel XI secolo Peschici fu abitata da slavi, i quali riuscirono ad inserirsi nel sistema sociale e a continuare a tenere i rapporti con la popolazione locale e con i benedettini. Sotto il dominio svevo Peschici trascorre anni duri e drammatici, caratterizzati dalle ferocie dispute tra il papato e l'impero. Diverse voci narrano che nel settembre del 1239, venticinque gale veneziane mandate da Papa Gregorio IX contro Federico, distrussero Peschici e la vicina Vieste, le quali furono successivamente ricostruite. 
Nel 1458 durante il dominio Aragonese, il popolo garganico appoggiò i baroni contro il nuovo re Alfonso, che nel 1462 occupò il Gargano.
Dopo la guerra franco-spagnola per il possesso del Regno di Napoli e le scorrerie dei Turchi, tra il 1554 e il 1567 Vieste e le Isole Tremiti furono attaccate e assediate, tutto ciò portò negli anni a seguire numerose torri di avvistamento su tutto il territorio del Gargano. Tra queste le più importate nel territorio di Peschici, ricordiamo: Calalunga e Monte Pucci.
Nel 1663 si verificò un periodo di siccità e un invasione di cavallette che provocarono tante morti da decimare la popolazione. Intorno al 1700 la città passa sotto il dominio del Principe d'Ischitella Emanuele Pinto.
Il territorio Garganico durante l’insurrezione antiborbonica fu alle prese con le vendite e le associazioni di carbone, e successivamente nel 1848 il poeta e scrittore peschiciano Giuseppe Libetta e uomo politico entrò nel Parlamento nato dalla Costituzione Sabauda.
Anni importanti sono tra il 1860 eil 1940 con l'avvento della strada circum garganica attuale S.S. 89, la ferrovia e la creazione dell'acquedotto Pugliese.
Nel periodo fascista aumenta l'emigrazione verso l'estero e le città del nord.
Negli ultimi anni invece una spinta decisiva per l'economia di Peschici è data dal turismo.