La costruzione di Manfredonia è storicamente attribuita al re Manfredi, il quale fece riutilizzare i ruderi della città di Siponto rasa al sulo dal terremoto del 1223. Nel 1263 venne consegnato il "Datum Orte", ovvero l' atto notarile con il quale veniva riconoscuìiuta ufficialmente la nuova città chiamata Manfredonia dal nome del re che le ridiede vita. Sin dalla sua costituzione ottenne benefici fiscali che la rese un porto franco, fu dotata di una zecca, coniò e impresse diverse monete.
Dopo la morte di re Manfredi contro Carlo d'Angiò, la città fu rinominata Sypontum Novellum.