Lesina è un piccolo centro cittadino le cui origini possono essere rintracciate durante il Neolitico Antico.
Anticamente chiamata Alexina, durante i tempi romanicostituiva un importante emporio commerciale e non solo, visto che nel 663 d.C., decise di trasfervi il vescocado.
Durante il medioevo molti storici sostengono che la popolazine si incrementò sia per la presenza dei numerosi cittadini di Lucera, la quale fu distrutta dall' imperatore Costante II, e soprattutto per la molta gente dei dintorni che pescava nel lago all'epoca molto ricco.
Durante il primo dopoguerra iniziò un reale progetto di bonifica delle zone paludosi del Comprensorio Lagunare, un progetto teso a debellare anche la malaria.I lavori della vera bonifica del Comprensorio iniziarono all'epoca del Fascismo. Era l'ottobre del 1928, l'impresa appaltatrice fu quella di Pietro Cidonio di Roma.
Le operazioni di bonifica, nelle quali vennero impiegati numerosi lesinesi, oltre le grandi draghe "Roma" e "Derick", si fregiavano del Fascio Littorio e si protrassero per ben nove anni, fino al 1937. La malaria finalmente diventava solo un ricordo.