La storia Isole Tremiti è legata sia agli esiliati più o meno illustri che vi furono confinati, sia per le vicende storico politiche ed economiche della Abbazia di Santa Maria a Mare sull' attuale isola di San Nicola, definita come la Montecassino in mezzo al Mare. Il monastero benedettino raggiunse il suo periodo di massimo splendore nell' XI sec., aumentando possedimenti e ricchezze in terra ferma, da Biferno a Trani, che solo nel XIII sec. divennero proprietà dei benedettini svincolati dal monastero di Montecassino. In seguito ad una decadenza morale dei monaci benedettini, 1237, il vescovo di Termoli sostituì l' ordine con quello dei Cistercensi, i quali dopo un secolo furono costretti ad abbandonare il monastero sottratto dall' occupazione cruenta del corsaro dalmata Almogavaro.
Nel 1412 un gruppo di religiosi Lateranensi provenienti dalla provincia di Lucca, guidati da Leone Carrara, si trasferirono sull'isola e restaurono l' abbazia, ampliandone le costruzioni, diventando così in breve tempo una fortezza: la fortezza di San Nicola. Dal 1567 fino ad epoca fascista l' arcipelago svolse la sua funzione di confino , dai vagabondi e delinquenti deportati da Federico II delle Due Sicilie al futuro presidente della Repubblica Sandro Pertini.
Nle 1932 l' arcipelago divenne comune autonomo.