Anche se il suo nome "Ca-Iani" risale al tempio di Giano, il dio pagano più venerato del promontorio del Gargano, le poche testimonianze attendibili rinvenute nel territorio fanno risalire le origini di Cagnano Varano al Medioevo.
Le fonti storiche ci dicono che durante questo periodo il centro fu feudo si alcune famiglie che occuparono il Palazzo Baronale, un' antica fortezza romana. L' insediamento attuale è Saraceno.
L'ultimo conflitto mondiale ha segnato molto il paese che vide il suo lago trasformato in base d'appoggio per i sommergibili e per gli idrovolanti impegnati nelle operazioni belliche svoltesi nel mare Adriatico.