La sua origine storica si può attribuire, nel VII-VIII sec a.C., all' invasione dei Dauni e successivamente dei Romani, grazie al rinvenimento di numerosi reperti, ritrovati in particolari sepolture a cassa litica, e ad alcune stele funerarie, presenti sia nel territorio che nella città di Apricena.
Ma una vera documentazione storica si ha solo nell' XI sec d.C. con la donazione del Casale di Apricena al Monastero Benedettino di San Giovanni In Piano. Questo Monastero sito a circa 5 Km. ad ovest dell' attuale abitato, ha ospitato secondo la tradizione orale, anche San Francesco d'Assisi, nel suo pellegrinaggio a Monte Sant'Angelo ed in Terra Santa. 
Apricena vive il suo momento di maggior splendore con gli Svevi. Difatti l' Imperatore Federico II di Svevia la elegge terra facente parte del proprio demanio, svincolandola da ogni tipo di servitù. Con la morte di Federico II e con la caduta di Manfredi (1266), suo figlio, questa terra, come tutto il mezzogiorno d'Italia, passò sotto la dominazione dei francesi: angioini e successivamente degli Aragonesi.
Rasa quasi completamente al suolo il 30 luglio del 1627 da un fortissimo terremoto, Apricena perse quasi il 30% dei suoi abitanti con 900 morti; ma nel giro di pochi anni (circa 3 anni), il centro abitato fu interamente ricostruito, ed insieme ad esso anche le attuali chiese di San Martino e Santa Lucia.